Antes de la llegada de los españoles, la parte alta del actual municipio fue habitada por los muiscas y el resto por los indígenas teguas de lengua arahuacas. En 1537 conquistadores españoles visitaron por primera vez la región. Desde 1598, los jesuitas establecieron misiones, la primera en la Hacienda Berbeo y la segunda en la Hacienda Lengupá. Hacia 1639 se comenzaron a establecer colonos.
Una parroquia se creó el 16 de diciembre de 1743 y fue reconocida el 29 de diciembre de 1777 Al establecerse las Provincias Unidas de Nueva Granada, la provincia de Tunja aprobó la Constitución de Miraflores, en 1811. En 1814 dentro del régimen centralista, fue incorporada al departamento del Sur. Desde 1843 hizo parte del al Cantón de Garagoa y en 1905 se le designó como capital de la provincia de Neira La Villa de Miraflores, cabecera del Cantón de su nombre, figura como parroquia en la estadística del virreinato, desde 1744. Según la prehistoria colombiana los indígenas pobladores de las llanuras orientales, descendientes de los Caribes acosados por la inclemente pradera avanzaron en son de invasión y conquista de las cumbres andinas, arrinconando los tímidos Chibchas.
Una de esas corrientes migratorias penetró por el Lengupá, nombre que le dieron a la Región por la Leyenda del río Lengupá. Por cuanto estaban atentos al nacimiento de los ríos para adorarlos y formar una leyenda sobre ellos. Sin embargo, los Muiscas o Chibchas permanecieron hacia la parte más fría. Los indígenas siguieron el curso, precipitándose por entre rocallosos cerros, abriéndose un cauce profundo para caer en un valle cálido y mortífero. Hasta allí llegaron los indígenas y entonces lo llamaron Lenguapa; la conquista castellana lo transformó en; Lengupá; que significa la ;frontera del jefe, allí terminó el imperio de los Muiscas. El Lengupá sirvió, entonces, para recoger en sus vegas tres pueblos indígenas: Los Chibchas que poblaron Rondón y llegaron hasta Zetaquira, los Achaguas que llegaron hasta Chameza y los Teguas ubicados en Campohermoso. Tres pueblos, tres idiomas, tres culturas entrelazadas alrededor de un gran río que desde entonces es símbolo de unidad integradora. Esa región de Lengupá, hoy sembrada de olorosos cañaduzales y florecidos cafetos, era por aquella época selva impenetrable, áspera y temible, fecunda y cálida. En esa tierra se fundaron y desarrollaron florecientes poblaciones que han talado sin piedad sus bosques y cultivado sus tierras. Allí tomaron asiento Miraflores, Berbeo, Rondón, Zetaquira, San Eduardo, Paez y Campohermoso. En el año de 1537 los españoles visitaron al Lengupá, mucho antes de que fuera fundada. Visitaron porque no hicieron fundaciones. Regresaron dejando el testimonio oral y escrito de su incursión. Sólo fue hasta 1639 que realizaron las primeras colonizaciones. Esas expediciones permitieron determinar las vías de acceso y salida. También fue vía importante hacia los llanos. Hoy después de tantos años no ha sido posible construir una vía carreteable para explotar la riqueza de los Llanos Orientales.
*Con información de Alcaldía de Miraflores